CPPC kieruje Dyrektor przy pomocy Zastępcy Dyrektora i Dyrektorów Departamentów, Dyrektorów Biur oraz samodzielnych stanowisk pracy. Dyrektor jednoosobowo reprezentuje Centrum Projektów Polska Cyfrowa i jest pracodawcą – w rozumieniu przepisów prawa pracy – w stosunku do pracowników CPPC.
Zgodnie z Zarządzeniem Nr 5 Ministra Cyfryzacji z dnia 27 marca 2020 roku, w sprawie nadania Statutu Centrum Projektów Polska Cyfrowa, w skład jednostki wchodzą:
- Dyrektor
- Zastępca Dyrektora
- Departament Kompetencji Cyfrowych
- Departament Wdrażania Projektów Szerokopasmowych
- Departament Projektów e-Administracji
- Departament Prawny
- Departament Systemowy
- Departament Finansów
- Biura
- Samodzielne stanowiska
Struktura organizacyjna zgodnie z Zarządzeniem Nr 3/2018 Dyrektora CPPC z dnia 29 marca 2018 roku wraz z późn. zm. w sprawie Regulaminu organizacyjnego Centrum Projektów Polska Cyfrowa.
- Departament Kompetencji Cyfrowych:
- Wydział Kontraktacji
- Wydział Realizacji
- Departament Wdrażania Projektów Szerokopasmowych:
- Wydział Kontraktacji
- Wydział Realizacji 1
- Wydział Realizacji 2
- Departament Projektów e-Administracji:
- Wydział Kontraktacji
- Wydział Realizacji 1
- Wydział Realizacji 2
- Departament Prawny:
- Wydział Prawny - w tym Sekcja Egzekucji Należności
- Wydział Zamówień Publicznych
- Wieloosobowe stanowisko Radcy Prawnego
- Departament Systemowy:
- Wydział Kontroli
- Wydział Systemowy
- Stanowisko do spraw Audytu Wewnętrznego
- Departament Finansowy:
- Główny Księgowy
- Wydział Budżetu - w tym Sekcja Finansów
- Wydział Kadr i Księgowości
- Biuro Administracyjne
- Biuro IT
- Stanowisko ds. Informacji i Promocji